УСБ является 9-м управлением ФСБ. В его основные функции входят:
— Проведение контрразведывательных мероприятий в ЦА ФСБ и подчиненных ему подразделениях, а также в региональных ГУ органов госбезопасности России. Результатом данной работы, как правило, является задержание лиц из числа офицеров ведомства по обвинению в госизмене или в их связях с криминальным миром/коррупцией.
— Выявление шпионов среди служащих органов госбезопасности, прикомандированных к различным министерствам, ведомствам, закрытым оборонным заводам РФ и т. д.
— Раскрытие схем производства и торговли служебными удостоверениями ФСБ и документами прикрытия и задержание их производителей/продавцов.
— Государственная защита свидетелей, а также оперативная разработка высших чиновников, подозреваемых в причастности к продаже государственных секретов или в крупномасштабной коррупции, наносящей значительный вред государству.
— Проведение контрразведывательных мероприятий в иных силовых ведомствах РФ (МВД, ФСИН, МЧС и т. д.) и даже в Службе собственной безопасности полиции.
При исполнении своих служебных обязанностей сотрудники Службы имеют право использовать наружное наблюдение, прослушку, а также документы прикрытия (т. е. документы на имена других людей, которые нельзя отличить от настоящих) и комплекты автомобильных госномеров.